En Lima, Innova Ambiental opera dos grandes Centros de Disposición Final autorizados por el Ministerio de Salud y la Municipalidad Metropolitana de Lima, donde se procesan y confinan los residuos municipales y no municipales bajo condiciones técnicas y sanitarias. Ambos rellenos cuentan con áreas diferenciadas para la disposición de residuos según su naturaleza y clasificación, además se encuentran implementados con sistema de control de gases y lixiviados. Otro Centro de Disposición Final importante opera en la provincia de Trujillo con más de 43 hectáreas a disposición.
Con un área de 307 ha, está ubicado a la altura del kilómetro 40 de la antigua Panamericana Sur, al este de la quebrada Pucara entre las faldas de los cerros Conejo y Portillo Grande en el distrito de Lurín. Esta infraestructura posee una zona para la disposición final de residuos industriales peligrosos.
Ubicado a la altura del kilómetro 34 de la Panamericana Norte, en el margen derecho del río Chillón entre las faldas de los cerros Campana y Cabrera, jurisdicción del distrito de Carabayllo en la provincia de Lima, cuenta con un área de 440 ha.
